أولاً: قسم الاتفاقات الدولية ويختص بالآتي:
1- دراسة مشروعات الاتفاقات ومذكرات التفاهم وبرامج التعاون مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية الدولية وغيرها من الهيئات الدولية وإبداء الرأي بشأنها.
2- إعداد وصياغة الاتفاقات ومذكرات التفاهم وبرامج التعاون التي تكون المحكمة طرفاً فيها مع أي من الجهات السابقة.
3- تفعيل اتفاقات التعاون والتوأمة القائمة.
4- تعزيز سبل ومجالات التعاون وتبادل الخبرات مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية الدولية وغيرها من الهيئات الدولية ذات الصلة.
5- متابعة الأنظمة والقرارات القضائية الدولية التي تتصل بعمل المحكمة.
6- إبراز وتعزيزدور المحكمة على الساحة الدولية.
7- إعداد مخاطبات رئيس المحكمة مع الجهات الدولية المختلفة.
8- إبداء الرأي القانوني في أية مسألة ذات طابع دولي تعرض عليها من رئيس المحكمة.
ثانياً: قسم المؤتمرات والتدريب ويختص بالآتي:
1- الإشراف على إعداد وتنظيم ورش العمل والندوات والمؤتمرات التي تشارك فيها المحكمة بمصر وبالخارج، والإشراف على إعداد الدراسات والأبحاث الخاصة بها، بالتنسيق مع وزارة العدل والجهات المعنية الأخرى بالدولة.
2- متابعة تنفيذ التقارير والتوصيات الصادرة عن المؤتمرات والندوات التي تشارك فيها المحكمة.
3- إتاحة وتنظيم الدورات التدريبية والجولات الدراسية لرجال القضاء بالمحكمة بالخارج.
4- ضمان التمثيل الفاعل لأعضاء ووفود المحكمة المشاركة في المحافل الدولية.
5- التنسيق مع إدارة العلاقات العامة فيما هو موكل لها من اختصاصات متعلقة بزيارة الوفود والشخصيات الأجنبية وزيارات رئيس المحكمة وأعضاء مجلس القضاء الأعلى والوفود المصاحبة للدول الأجنبية.
ثالثاً: قسم البحوث والترجمة ويختص بالآتي:
1- ترجمة الوثائق والأحكام والبحوث ذات الصلة بطبيعة عمل المحكمة.
2- ترجمة الهام من أحكام المحكمة وتبادلها مع المحاكم العليا الأجنبية، والعمل على نشرها بموقع المحكمة الالكتروني.
3- تبادل المطبوعات والأحكام والبحوث القضائية والقانونية المتصلة بعمل المحكمة مع المحاكم العليا الأجنبية والأجهزة القضائية الدولية والمراكز البحثية وغيرها من المنظمات والمعاهد العربية والدولية.
4- تزويد مجلة المحكمة بالبحوث والدراسات والتقارير الصالحة للنشر.
5- العمل على نشر نتائج الزيارات والمؤتمرات والبحوث بمجلة المحكمة.
6- تزويد مكتبة المحكمة بالهام من الكتب والبحوث والدوريات القانونية الأجنبية.
7- الاضطلاع بصفة عامة بالبحوث وأعمال الترجمة التحريرية والفورية ذات الصلة بطبيعة العمل.